Président d'honneur de la section des Sciences Religieuses de l'École Pratique des Hautes Études ( Sorbonne), section fondée en 1886 par les pères fondateurs de la laïcité pour instaurer en France une étude scientifiques des religions. Depuis 1991, il est titulaire de la chaire "Histoire et sociologie de la laïcité" qui est la première - et la seule à ce jour - chaire de l'enseignement supérieur français consacrée entièrement à la laïcité. Il est également directeur du Groupe de Sociologie des Religions et de la Laïcité au CNRS. De Novembre 1997 à Novembre 1998, il a été chargé des Initiatives Citoyennes au cabinet de la Ministre de l'enseignement scolaire, Ségolène Royal.

Principaux livres sur la laïcité :
- La Laïcité, quel héritage ? Genève, ed. Labor et Fides 1990.
- Vers un nouveau pacte laïque, Paris, Seuil, 1990.
- Jean Bauberot (sous la direction de) : Religions et laïcité en Europe, Paris, éd. Syros, 1994.
- La Morale laïque contre l'ordre moral, Paris Seuil, 1997.