L’épistémologie transdisciplinaire permet d’effectuer des ponts entre les divers objets disciplinaires et les diverses épistémologies que l’on retrouve dans l’histoire de la médecine d’une part et, de l’autre, entre méthodologies de recherche ou pratiques disciplinaires et individus ou groupes sociaux.
L’organisation du vivant mise en relation avec les comportements individuels, en particulier, possède son génie propre qui réclame des logiques adaptées. La « pensée unique » et le réductionnisme liés au paradigme mécaniste dominant ne sont, souvent, plus adaptés aux problèmes complexes que l’on rencontre dans l’éducation, la formation, l’éducation à la santé. L’on peut aujourd’hui observer la connaissance comme une suite articulée de niveaux différents, où chaque catégorie d’objet, selon son mode organisationnel, impose à l’esprit une attitude particulière et spécifique de compréhension. Loin de s’exclure, ces niveaux se complètent. Chacun, caractérisé par des lois spécifiques, demande à être mis en relation avec le fonctionnement des individus. Les problématiques disciplinaires, comme les personnes et les groupes, se définissent dès lors selon ces niveaux qui sont tout autant phénoménologiques et épistémologiques que logiques et ontologiques. Les interfaces entre objets ou domaines différents, disjoints ou frontaliers, deviennent créatrices de nouvelles réponses par intégration, sur un autre niveau de réalité, des contradictions.
Si la transdisciplinarité rejoint et intègre chacun des discours différenciés sur la connaissance, elle s’en distingue également dans la mesure où elle peut s’envisager comme un processus de passage d’un niveau de réalité à un autre et comme outil propre à la complexité. La recherche d’un état de simplicité du savoir, opposé en termes de dualité contradictoire à la complexité, ne se conquiert pas par l’uniformité de la pensée, mais par l’acceptation des interfaces et la négociation des passages entre les divers aspects de la réalité, chacun de ces aspects correspondant à des façons différentes de penser et à diverses formes du savoir : expérientiel, formel, informel.