Notre recherche se focalise sur l'analyse, la comparaison et la compréhension des processus efficaces d'enseignement et d'apprentissage de compétences en recherche pendant la thèse. La méthodologie utilisée combine l'approche qualitative et quantitative pour le recueil d'information. L'approche globale pour l'appréhension et l'analyse des données est celle de la phénoménologie. Les données recueillies comportent 40 entretiens semi-directifs et de 400 questionnaires. L'échantillon a été composé d'étudiants en thèse ou ayant déjà soutenu dans diverses disciplines à l'exception de la médecine.
Nous avons constaté que le système d'enseignement supérieur français a énormément évolué depuis la dernière guerre, et le doctorat a dû s'adapter aux conséquences de la massification et de la diversification. Face à ces évolutions, la formation traditionnelle des docteurs, de longue durée et sous la direction d'un chercheur confirmé, a été vivement mise en cause à partir 1985. La thèse, comme axe central d'une formation pour et par la recherche, commence à être considérée dans certaines disciplines comme une première expérience professionnelle. Dans le processus de formation doctorale, la thèse a une place primordiale : en effet, l'enseignement et l'apprentissage des compétences du travail scientifique se réalisent au sein d'une relation pédagogique très spécifique, celle du directeur de thèse et de l'étudiant en doctorat. Qui enseigne, et comment sont enseignées les compétences en recherche aux apprentis chercheurs ? Deux conceptions majeures sont généralement associées à la direction de recherche : un enseignement pour certains, un encadrement pour d'autres. Si ces deux conceptions ne s'opposent pas nécessairement, elles sont à la base des différences dans les processus de direction. La forme que prend la relation entre le directeur et le thésard est unique. Elle se réalise à partir de la conjugaison d'une grande diversité de facteurs et exerce une influence déterminante - positive ou négative - sur la motivation, la poursuite et la durée des études. Les travaux qui ont étudié la nature et la dynamique de la direction de recherche soulignent qu'une direction de qualité répondrait plus à des facteurs liés aux caractéristiques personnelles qu'à des compétences scientifiques, tant du côté du directeur que du côté de l'étudiant. D'après l'analyse de la littérature, le directeur de thèse ne semble pas toujours être l'élément essentiel dans la formation. En effet, si une direction de recherche en harmonie avec les besoins et attentes de l'étudiant peut favoriser la formation, les doctorants sont capables d'acquérir ailleurs les compétences nécessaires au travail scientifique malgré un faible encadrement. Les résultats préliminaires nous permettent d'avancer que l'objectif global des formations doctorales reste celui de former des individus autonomes, entrepreneurs et créatifs, capables de gérer leurs propres apprentissages, et capables de s'adapter aux diverses situations de leur vie professionnelle et sociale. Cependant, les données montrent que la plupart des étudiants sont confrontés à un encadrement assez faible, en décalage avec ces objectifs. Le fait d'être obligé de travailler seul amène souvent les doctorants à l'abandon de leur thèse.
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