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Données

Mises au point 
  Choix des cractères
- Classifications évolutives
  Vertébrés
  Primates

- Lecture d'un arbre phylogénétique. Notion d'ancêtre commun

- La place des fossiles dans les arbres phylogénétiques

Documentation

La méthode cladistique a été mise au point par William Hennig dans les années 1960.

• Principes de bases de la cladistique
• La parcimonie
• Notion de clade
• La mise en évidence des analogies

La méthode cladistique est basée sur la notion d'homologie. On n'établira des relations de parenté que sur la base du partage des états évolués des caractères (ou homologies).

Lorsqu'une nouveauté évolutive apparaît chez un organisme, elle sera transmise à tous ses descendants. On peut donc tenir le raisonnement suivant : lorsque plusieurs être vivants partagent une même nouveauté évolutive (homologie), ils l'ont héritée d'un même ancêtre, qui leur est propre (ancêtre commun), et chez qui cette nouveauté est apparue.

Pour appliquer la méthode cladistique, il faut donc identifier les différents états d'un caractère, et distinguer l'état primitif de l'état évolué. Pour définir ces états, on applique souvent des critères paléontologiques : l'état évolué est celui qui est apparu le plus récemment ; on peut aussi parfois appliquer un critère ontogénique : le caractère évolué apparaît plus tard au cours du développement).

Plusieurs cladogrammes peuvent être établis à partir d'un même ensemble de taxons et de caractères.  Le cladogramme qui sera considéré comme le plus valable (le plus probable) est celui qui sera le plus parcimonieux, c'est à dire celui qui supposera le moins de transformations évolutives.

Un clade, ou groupe monophylétique, comprend un ensemble d'êtres vivants et leur ancêtre commun ; tous ces organismes partagent en exclusivité une même nouveauté évolutive (nouveau caractère ou état évolué d'un caractère).

Les analogies peuvent être dues à des phénomènes de convergence de forme, liées aux adaptations au milieu de vie (exemple : les ailes des oiseaux et des chauve-souris), ou encore à des phénomènes de régression (exemple : l'absence de pattes chez les serpents).  Les organes analogues ne sont donc pas hérités d'un même ancêtre commun, ils ne traduisent pas les relations de parenté. L'analogie est mise en évidence par application du principe de parcimonie : si la prise en compte d'un état d'un caractère amène à construire un arbre moins parcimonieux que celui que l'on a obtenu en prenant en compte l'ensemble des autres caractères, c'est que cet état ne constitue pas une homologie mais qu'il s'agit d'une analogie due à une convergence de forme, ou à un phénomène de régression.