Glossaire
Histoire
Questions
Téléchargements
Proposition de démarche
Exploitation de données moléculaires
avec SEQAIDII ou Anagène
- Alignement de deux gènes (un gène du développement et un autre pris au hasard)
- Alignement de plusieurs gènes du développement d'un même organisme
- Alignement des homéoboîtes de gènes appartenant à différents organismes
Attention
Rappel : les spécialistes admettent que des ressemblances entre séquences protéiques n'indiquent une relation de parenté qu'au-delà de 20%. Dans le cas de la comparaison de séquences nucléotidiques, les pourcentages de similitude doivent bien évidemment être largement supérieurs à cette valeur. Il faudra donc faire bien attention à la signification du pourcentage obtenu lors de la comparaison entre un gène homéotique et un gène quelconque, si possible de longueur voisine : un pourcentage proche de 40% n'est pas la signature d'une parenté moléculaire. La valeur obtenue servira de référence lors de la comparaison des gènes homéotiques chez la même espèce.
La comparaison des homéoboîtes entre elles soulignera aisément
les très fortes similitudes de séquences des gènes
homéotiques, chez la même espèce puis chez différentes
espèces.
1 - L'alignement des parties codantes d'un gène du développement avec un gène quelconque de même taille permet de repérer le faible degré de similitude entre des gènes pris au hasard dans le génome.
Résultat et information associée (obtenue en sélectionnant la fenêtre du résultat de l'alignement et en cliquant sur "i" dans le bandeau d'Anagène).
Alignement de plusieurs homéoboîtes entre elles
3 - L'alignement des homéoboîtes de gènes appartenant à des organismes différents permet de mettre en évidence les similitudes importantes entre ces séquences.
