Après la première division, les blastomères se clivent toutes les 15 minutes. La division du cytoplasme est inégale et les blastomères restent interconnectés par des ponts cytoplasmiques 

Durant cette période, on observe une grande varièté de mouvements morphogénétiques, les ébauches des premiers organes deviennent visibles. Les axes antéro-postérieur et dorso-ventral deviennent clairement visibles. On observe les premiers mouvements et les premières cellules différenciées. La croissance de l'embryon est rapide. 

C'est lors de cette période que l'on observe le stade phylotypique du développement, il correspond chez le poisson zèbre approximativement au 3ème jour du développement embryonnaire. On observe une symétrie bilatérale bien marquée.

Pendant cette période, l'embryon continue à grandir. Les embryons présentés sont âgés de 48 heures pour A et B, 60 heures pour C et D et 72 heures pour E et F.