BIOGEO Fonctionnement de Chime

Dernière mise à jour : 06/03/2001

Tutoriel pour l'utilisation de Chime

- Visualisation
- Activation
- Réalisation

Visualisation

Si Chime est installé sur votre machine, vous verrez une molécule au milieu du tableau, sinon c'est une pièce de puzzle qui est affichée.
 
Rotations avec la souris
Clic bouton gauche 
Rotation en X
Rotation en Y
Menu
Clic sur le bouton droit dans 
la fenêtre de la molécule
Raccourcis souris
Shift - bouton gauche : zoom 
Shift - bouton droit : rotation en Z
Ctrl - bouton droit : translation
Menu Display (afficher) 
Wireframe (fil de fer) 
Sticks (bâtonnets) 
Balls & sticks (boules et ...) 
Spacefill (sphères) 
Backbone (squelette carboné) 
Ribbons (rubans) 
Strands (brins) 
Cartoon

  Afficher en sphères
Menu Color
CPK (conventionnelle) 
Amino acid 
Shapely (forme) 
Group 
Chain 
Temperature 
Structure (hélices, feuillets...)
Menu Options  : Display hydrogens ; Display hydrogen bonds ; Display hydrogen bridges 
Dot surface (surface en points) ; Slab (coupe) ; Specular (reflets) ; Shadow (ombrage) ; Stereo. 
Menu Select : en particulier, change color to ...

Activation de Chime
 
Invocation de Chime dans une page HTML Lancement de scripts avec des boutons Texte d'un script pour Rasmol/Chime
<EMBED src="leuenk.pdb"
 bgcolor="#000000"
 width=200
 height=200
 name="chime_graphic"
 spiny=15
 startspin=true
<EMBED type="application/x-spt"
width=10
height=10
button=push
target="chimexpl.htm"
script="script 'exemple.scr'">
Le bouton sous la molécule active le script ci contre
select all
spacefill
color cpk
move 0 -360 0 0 0 0 0 0 3 60
delay 1
zoom 200
delay 1
reset

Noter que :

Les coordonnées spatiales de la molécule (plusieurs centaines de ko parfois) sont envoyées par le serveur sur le poste client.

Les scripts de Chime acceptent toutes les commandes de Rasmol. Ils sont écrits avec un éditeur de texte et sauvegardés au format texte.
 

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