3 - La comparaison des séquences protéiques donne des informations phylogénétiques :
Bien que le cytochrome c ne soit plus actuellement considéré comme une protéine fournissant les meilleures informations sur le plan évolutif, l'analyse des séquences permet de reconstruire un arbre phylogénétique cohérent.
Celui-ci fait apparaître ici la séparation Procaryotes - Eucaryotes (chez ces derniers, le cytochrome c est une protéine mitochondriale ! A mettre en relation avec la théorie symbiotique de l'origine des mitochondries). On voit également la séparation précoce végétaux - animaux, ainsi que celle de la branche des Poissons et celle des autres Vertébrés (ici représentée par le Cheval).