Les comparaisons des séquences
primaires de protéines homologues indiquent quels sont, parmi les
acides
aminés, ceux qui sont indispensables à leur
fonction.
Si on retrouve le même acide aminé à un endroit particulier
de la séquence, on peut en déduire que les propriétés
chimiques et / ou structurales de cet acide aminé invariant le
rendent seul capable d'assurer un rôle essentiel au sein de la protéine.
Dans certaines positions,
les substitutions concernent des acides à propriétés
similaires (exemple : arginine et lysine, acides aminés chargés
positivement) : ce sont des substitutions conservatrices.
Dans d'autres positions,
on trouvera une variation considérable dans la nature des acides
aminés : ces positions sont qualifiées d'hypervariables,
ce qui indique que les exigences fonctionnelles de ces positions ne sont
pas importantes.
Dans le cytochrome C, le
rôle biochimique des acides aminés invariants est évident
: par exemple l'histidine (en position 18 chez les Eucaryotes) établit
des liaisons avec l'atome de fer du hème ; toute substitution à
cette position inactive la protéine.
La signification biochimique
de la plupart des résidus invariants et de ceux résultant
de substitutions conservatrices ne peut être perçue qu'en
fonction de la structure tridimensionnelle de la protéine.