Discussion :
1 - Les variations de protéines homologues entre espèces :
On appelle protéines homologues des protéines qui sont reliées sur le plan de l'évolution. Elles réalisent la même fonction chez différentes espèces.
Une fois établi le constat d'une homologie entre protéines, on doit admettre que celles-ci résultent d'une évolution à partir d'une protéine ancestrale commune.
Même si cette protéine est bien adaptée à sa fonction, (c'est à dire qu'elle ne peut pas subir d'amélioration physiologique importante), elle continue néanmoins à évoluer.
Les mutations aléatoires vont la modifier sans pour autant affecter sa fonction, les mutations "nuisibles" étant rapidement rejetées par sélection naturelle.

Les comparaisons des séquences primaires de protéines homologues indiquent quels sont, parmi les acides aminés, ceux qui sont indispensables à leur fonction. Si on retrouve le même acide aminé à un endroit particulier de la séquence, on peut en déduire que les propriétés chimiques et / ou structurales de cet acide aminé invariant le rendent seul capable d'assurer un rôle essentiel au sein de la protéine.
Dans certaines positions, les substitutions concernent des acides à propriétés similaires (exemple : arginine et lysine, acides aminés chargés positivement) : ce sont des substitutions conservatrices.
Dans d'autres positions, on trouvera une variation considérable dans la nature des acides aminés : ces positions sont qualifiées d'hypervariables, ce qui indique que les exigences fonctionnelles de ces positions ne sont pas importantes.

Dans le cytochrome C, le rôle biochimique des acides aminés invariants est évident : par exemple l'histidine (en position 18 chez les Eucaryotes) établit des liaisons avec l'atome de fer du hème ; toute substitution à cette position inactive la protéine.
La signification biochimique de la plupart des résidus invariants et de ceux résultant de substitutions conservatrices ne peut être perçue qu'en fonction de la structure tridimensionnelle de la protéine.